АСВ инициировало заявление об аресте, так как в ходе конкурсного производство обнаружило, что Клигман организовал выдачу технических кредитов. Он также, по версии АСВ, был организатором схем по выводу активов из кредитной организации. По подсчетам агентства, его действия причинили «БайкалБанку» ущерб в 2,59 млрд руб.

Банк России отозвал у «БайкалБанка» в 2016 г. По мнению регулятора, кредитная организация неадекватно оценивала риски в связи с «размещением денежных средств в активы неудовлетворительного качества». В АСВ также уточнили, что суд привлек к субсидиарной ответственности бывших председателей банка Вадима Егорова и Виталия Авдеева. Размер ответственности еще не определен, но он прогнозируется на уровне 5,7 млрд руб.

В феврале «Коммерсантъ» сообщал, что прокуратура Москвы утвердила обвинительное заключение по уголовному делу организованного преступного сообщества (ОПС), похитившего более 10 млрд руб. из разорившихся банков «Агросоюз» и «Инкаробанк». Со ссылкой на материалы дела газета писала, что организатором схем следствие считает находящихся в международном розыске их конечного бенефициара Клигмана и его предполагаемого сообщника Евгения Урина, младшего брата банкира Матвея Урина. В общей сложности обвинения в рамках дела ОПС с участие Клигмана предъявлены 20 фигурантам. Некоторые из них, как и Клигман, объявлены в розыск. Расследованием дела занимаются следователи московской полиции и оперативники ГУЭБиПК МВД России.